Les deux grands principes d’une sélection par évaluation génétique sont la collecte de mesures individuelles appelés phénotypes (poids, croissance, consommation, productivité…) et l’enregistrement du pedigree (traçabilité généalogique). Cela permet alors aux généticiens d’estimer le potentiel génétique de chaque animal compte tenu de ses performances propres et de celles de ses apparentés. La sélection des meilleurs individus pour la reproduction contribuant à la nouvelle génération permet la diffusion du progrès génétique
Chez le pigeon, la première étape du suivi généalogique a lieu bien avant l’éclosion du premier pigeonneau. En effet, pas de plan d’accouplement préétabli ni d’insémination dans une volière de pigeons, ce sont les animaux qui choisissent eux-mêmes leur partenaire.
Dès la mise en place d’un parquet, les techniciens colombicoles de Grimaud Frères observent attentivement les animaux et la création des couples. Une fois le parquet stabilisé ils vont repérer chaque animal via sa bague, son partenaire et le nid dans lequel le couple s’est installé. Le pigeon est une espèce nidicole et est considérée monogame. C’est sur ces différents prérequis que repose actuellement la gestion de la généalogie.
Quand les pigeonneaux éclosent dans un nid, on va considérer que les parents sont les reproducteurs en place. Les petits, totalement dépendants des soins parentaux et alors incapables de voler, grandissent dans leur nid d’origine pendant le premier mois. Chaque juvénile est alors identifié d’une bague unique. Il s’agit alors de faire la correspondance entre le nid, le pigeonneau et le couple père et mère pour compléter l’arbre généalogique.
Le projet IMAGE porté par l’université de Wageningen aux Pays-Bas avait pour objectif de développer une puce SNP multi-espèces incluant le pigeon. En canard, la génomique dont Grimaud Frères a été le précurseur dans son utilisation est maintenant utilisée en routine dans les schémas de sélection. Au sein de l’ADN, la lecture directe de ces marqueurs (SNP) permet de gagner en efficacité de sélection et de discriminer le potentiel de chaque individu au sein de chaque famille. Par ailleurs, chaque parent transmettant la moitié de son patrimoine génétique à sa descendance, il est également possible de vérifier et /ou d’attribuer la filiation. C’est ce que l’on appelle l’assignation de parenté.
Assignation de parenté et gestion du pedigree :
Ainsi Europigeon a d’abord réalisé des prises de sang par vacutainer à l’aile afin d‘éviter toute contamination environnementale sur des trios de généalogie connue (père, mère, jeune) de différentes souches. L’ADN a alors pu être extrait de ces échantillons sanguins pour exploiter ensuite les génotypages des différents individus. L’intérêt est ensuite de confronter la généalogie obtenue par génotypage et celle attendue par pedigree. Sur la centaine d’échantillons testés, tous ont pu être correctement assignés à leurs parents attendus, sans connaissance préalable de la souche et malgré des reproducteurs challenges (non contributeurs). Cela a alors une double valorisation. :
- le panel de marqueurs SNP a démontré son informativité.
- la gestion du pedigree par Europigeon est fiable puisqu’elle est confirmée par les génotypes, les évaluations qui en découlent permettent ainsi d’assurer une sélection efficace.
Illustration 1 : représentation schématique de l’assignation de parenté avec la recherche du père réel entre les deux reproducteurs potentiels. Au 1er marqueur, le jeune est A1, tout comme les deux mâles reproducteurs. Cela ne permet pas de les discriminer. Pour le second marqueur, le jeune est B7 partageant ainsi le même allèle que le reproducteur 1 mais pas avec le second père potentiel. Le reproducteur 2 peut donc être exclu. Le même principe est réalisé côté maternel. A noter que cette méthodologie basée sur plus de 10 000 marqueurs répartis sur l’ADN affiche une fiabilité > 99%.
Analyse de la diversité génétique
Après l’analyse individuelle des génotypes, une analyse sur l’ensemble de la population a permis d’étudier le lien entre les différentes souches Europigeon. Pour rappel, le sélectionneur spécialise ses lignées selon différents objectifs de sélection (productivité, conformation, etc.). Les croisements réalisés entre les différentes lignées permettent de diffuser les gains réalisés en lignée pure dans le produit terminal Mirthys. La spécificité de ces lignées repose sur une gestion fine des noyaux purs.
L’analyse en composante principale (méthode statistique) à partir des génotypes (illustration 2), permet de représenter la diversité génétique entre les différents individus en fonction de leurs marqueurs. On remarque que les lignées pures A, B, C et D sont bien distinctes les unes des autres, signe d’une bonne diversité génétique entre populations. Des réservoirs de gènes variés constituent la ressource exploitée pour la sélection et les croisements. Enfin, les individus de la lignée D sont à une distance intermédiaire des individus des lignées B et C. L’analyse conforte la réalité terrain puisque cette lignée D a été historiquement créé à partir d’un diverticule des deux autres lignées B et C. Il est donc possible d’identifier les traces de la sélection réalisée par Europigeon sur ces différentes lignées.
Illustration 2: Analyse en composante principale (ACP) étudiant la diversité entre lignées A, B, C et D
L’analyse d’origine des populations en sélection (illustration 3) met là encore en évidence l’existence de quatre populations ancestrales distinctes correspondant à nos quatre lignées. Là encore, il est à noter que la lignée D partage majoritairement une origine commune avec les lignées B et C, qui sont effectivement à l’origine de sa création.
Illustration 3 : Analyse d’origine
Par ailleurs, en plus d’une bonne diversité génétique entre lignées, la génomique nous a également montré qu’il existe une bonne diversité génétique et une faible consanguinité au sein de chaque lignée. L’appauvrissement de la variabilité génétique, limitant à terme la possibilité d’amélioration voire même l’apparition de tare, n’est donc pas à craindre.
Ainsi toutes ces données de génotypage nous permettent de valider notre savoir-faire de sélection des souches Europigeon. En assurant les spécificités de lignées pures, un maintien de la diversité génétique, notamment permis par une notation rigoureuse du pedigree, le Mirthys peut répondre aux demandes de progrès génétique et de robustesse attendus aujourd’hui et demain.
