La consanguinité est à l’origine d’une diminution de la diversité génétique et donc du progrès génétique (voir “quels sont les moteurs du progrès génétique”). Pour cette raison, il est important dans un programme de sélection de minimiser l’augmentation de la consanguinité dans la population qui se produirait naturellement en raison de la taille limitée de celle-ci.